電子發票歸檔保存分以下幾種情況進行：
（1）已建立電子檔案管理系統，實施了會計信息系統
①與電子發票相關的記賬憑證、報銷憑證等已全部實現電子化（不包括紙質憑證掃描，下同）：
可將電子發票與相關的記賬憑證、報銷憑證等電子會計憑證通過歸檔接口或手工導入電子檔案管理系統進行整理、歸檔并長期保存，歸檔方法可參照《企業電子文件歸檔和電子檔案管理指南》（檔辦發〔2015〕4號）。
②與電子發票相關的記賬憑證、報銷憑證等未實現電子化：
可單獨將電子發票通過歸檔接口或手工導入電子檔案管理系統進行整理、歸檔并長期保存；整理、歸檔、長期保存方法可參照《企業電子文件歸檔電子檔案管理指南》（檔辦發〔2015〕4號）。
（2）無電子檔案管理系統：
①實施了會計信息系統，與電子發票相關的記賬憑證、報銷憑證等已全部實現電子化：
可將電子發票與相關的記賬憑證、報銷憑證等移交會計檔案管理人員保存，編制檔號，存儲結構建議采取下圖所示方式：
同時，建立電子會計檔案臺賬或者目錄，臺賬或者目錄的結構建議如下表：
②未實施會計信息系統，與電子發票相關的記賬憑證、報銷憑證未實現電子化：電子發票以電子形式移交會計檔案管理人員保存。
同時，建立電子發票臺賬或者目錄，臺賬或者目錄的結構建議如下表：
此外,保存電子發票時，應當采用多重備份、定期檢測等方法，保證電子發票檔案在規定的保管期限內不會丟失并能被讀取。
依據：財政部、國家檔案局、國稅總局有關司局就電子專票全流程電子化管理操作等有關問題進行解答。
來源：財務第一教室，稅務大講堂，梅松講稅
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